Ngay từ ngày ký (01/7/2025), Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư 69/2025/TT-BTC để “đặt nền móng” cho loạt quy định GTGT phiên bản mới: từ bộ hồ sơ xác định không chịu thuế, điều kiện áp thuế suất 0%, đến cơ chế tỷ lệ % trên doanh thu và cách tính thuế đối với nhà thầu nước ngoài. Trục xương sống của Thông tư là chuẩn hóa hồ sơ – chứng từ và làm rõ vai trò các bên trong chuỗi giao dịch số, nhằm khóa các “điểm mù” quản lý và rút ngắn quãng đường từ chính sách đến thực thi.
5 điểm nhấn chính sách doanh nghiệp phải nắm
1) Phạm vi điều chỉnh: tập trung vào “chỗ dễ sai”
Thông tư 69 quy định chi tiết hồ sơ, thủ tục để: (i) xác định đối tượng không chịu thuế; (ii) áp dụng thuế suất 0% với hàng hóa, dịch vụ; (iii) xác định nhóm áp dụng theo tỷ lệ %; (iv) chứng từ nộp thuế thay phía nước ngoài; và (v) cách xác định số thuế được hoàn cho xuất khẩu và nhóm 5%. Cách viết “đi thẳng vào nghiệp vụ” cho thấy trọng tâm là giảm sai sót khi kê khai – hoàn thuế.
2) Đối tượng áp dụng: không chỉ người nộp thuế
Ngoài người nộp thuế, Thông tư còn áp dụng cho cơ quan quản lý thuế và các tổ chức, cá nhân liên quan, tương ứng với tinh thần “hồ sơ chuẩn – kiểm soát chuẩn – quyết định chuẩn”.
3) Hồ sơ thuế suất 0%: checklist minh bạch, sát điều kiện
Với hàng hóa, dịch vụ thuộc khoản 1 Điều 9 Luật GTGT, người nộp thuế phải căn cứ đủ bộ chứng từ theo Luật và Nghị định 181; khi cơ quan nhà nước yêu cầu, phải xuất trình để chứng minh đủ điều kiện 0%. Với xuất khẩu qua sàn thương mại điện tử hoặc một số trường hợp đặc thù, hồ sơ chứng minh điều kiện khấu trừ/hoàn thuế được nêu riêng để tránh “vênh” giữa kênh truyền thống và kênh số.
4) Thuế nhà thầu nước ngoài: cách tính rõ ràng theo tỷ lệ %
Thông tư dành mục riêng cho trường hợp nhà thầu/nhà thầu phụ nước ngoài cung cấp hàng hóa, dịch vụ cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển và khai thác dầu khí… Cách tính thuế GTGT theo tỷ lệ % trên doanh thu được chuẩn hóa, phân biệt tình huống có/không tách riêng giá trị máy móc, thiết bị, vật tư dov.v. qua đó siết chặt cơ sở tính thuế ngay tại khâu thanh toán.
5) Bảng tỷ lệ % trên doanh thu: phân tuyến theo ngành nghề
Bảng tỷ lệ áp dụng cho đối tượng tính thuế theo phương pháp trực tiếp được liệt kê chi tiết theo đặc thù hoạt động (sản xuất, vận tải, xây lắp…); doanh nghiệp/hộ kinh doanh cần gắn đúng tuyến để tránh bị ấn định.
Cơ chế hoàn thuế: “khóa liên thông” hai đầu chứng từ
Thông tư 69 làm rõ cách xác định số thuế được hoàn với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu và đơn vị chỉ sản xuất/cung ứng nhóm 5% (trường hợp dư đầu vào qua chu kỳ 12 tháng/4 quý). Tư duy thẩm định chuyển từ “xem đủ giấy tờ” sang “kiểm tra điều kiện thực chất”, đồng thời nhấn mạnh tính đồng bộ giữa kê khai của bên bán và bộ hồ sơ hoàn của bên mua/xuất khẩu. (Nội dung chi tiết rải suốt các điều về hoàn thuế trong Thông tư, dẫn chiếu Luật và Nghị định 181.)
Tác động thực hành: ba việc nên làm ngay
1. Chuẩn hóa hồ sơ 0% và không chịu thuếLập checklist theo từng kịch bản (xuất trực tiếp, khu phi thuế quan, vận tải quốc tế, dịch vụ tại nước ngoài…), kèm đầu mối kiểm tra chéo hợp đồng – chứng từ vận tải – tờ khai, và dòng thời gian lập hóa đơn khớp thời điểm chuyển giao/hoàn thành dịch vụ.
2. Rà soát hoạt động có yếu tố nhà thầu nước ngoài
Với hợp đồng dầu khí, EPC/M, thuê máy móc kèm dịch vụ…, cần xác định đúng tỷ lệ % trên doanh thu dùng để tính thuế, đồng thời quy định rõ bên nào nộp thay, thời điểm khấu trừ/nộp ngay trong hợp đồng thanh toán.
3. Gắn đúng “làn” tỷ lệ % nếu tính trực tiếp
Hộ/cơ sở áp phương pháp trực tiếp phải mapping mã ngành vào bảng tỷ lệ của Thông tư; sai một ô có thể “trượt” cả kỳ tính thuế. Cần cấu hình lại POS/ERP để tự động gợi ý tuyến thuế theo ngành nghề.
Những lỗi dễ vấp và cách tránh
- Hồ sơ 0% thiếu mắt xích: hợp đồng đủ nhưng thiếu chứng từ vận tải/quyết toán hải quan; khắc phục bằng bộ hồ sơ mẫu và checklist xuất trình khi cơ quan thuế yêu cầu.
- Nhầm tỷ lệ % khi tính trực tiếp: không phân tách rõ phần hàng hóa – dịch vụ trong hợp đồng xây lắp dẫn tới áp sai tỷ lệ; giải pháp là tách cấu phần ngay từ báo giá/hợp đồng.
- Chưa quy định nghĩa vụ nộp thuế thay trong hợp đồng với nhà thầu nước ngoài, khiến rủi ro phát sinh tại thời điểm thanh toán; nên đưa điều khoản thuế bắt buộc và cơ chế bù trừ khi thay đổi pháp luật.
Tính liên tục pháp lý: bãi bỏ – thay thế thế nào?
Thông tư 69 đồng thời bãi bỏ hoặc thay thế một số hướng dẫn cũ từng gây chồng chéo, giúp hệ thống GTGT “một chuẩn” từ Luật – Nghị định – Thông tư. Khi cập nhật quy trình, đừng quên rà lại các quyết định/điểm hướng dẫn đã hết hiệu lực để tránh viện dẫn sai.
